新聞網(wǎng)訊(通訊員 楊洋)9月12日,,華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院繆小平教授課題組在國際學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research (核酸研究)上在線發(fā)表了題為“AWESOME: A database of SNPs that affect protein post-translational modifications”的論文,該研究利用20余種預(yù)測工具和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)庫,,首次對人類基因組遺傳變異在蛋白質(zhì)翻譯后修飾中的作用進(jìn)行了系統(tǒng)注釋和預(yù)測,,并建立了數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站AWESOME (A Website Exhibits SNP On Modification Event, 方便研究人員查詢利用。
人類遺傳變異的復(fù)雜多樣性造就了個體的不同,,也影響了疾病的易感性,,一直以來,研究者們都致力于發(fā)現(xiàn)具有潛在功能的遺傳變異,,從而為解讀病因,、尋找治療靶點(diǎn)提供支持,。然而,目前對于遺傳變異的功能解讀,,大都集中在調(diào)控區(qū)遺傳變異上,,對于作用方式更為多樣的編碼區(qū)遺傳變異,,研究還不完善,。蛋白質(zhì)翻譯后修飾在生命體中具有十分重要的作用,它使蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)更為復(fù)雜,、功能更為完善,、調(diào)節(jié)更為精細(xì)、作用更為專一,。位于編碼區(qū)的遺傳變異,,會造成基因編碼的蛋白質(zhì)氨基酸改變,從而影響蛋白質(zhì)的翻譯后修飾狀態(tài),,進(jìn)而影響蛋白質(zhì)的功能,,甚至下游信號通路的激活。而對于這類具有重要功能的遺傳變異,,尚未有系統(tǒng)的研究,。
繆小平教授課題組率先開展了這方面的研究工作。該研究首先利用20種生物信息學(xué)預(yù)測工具,,對可能影響6種最常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾的遺傳變異進(jìn)行了全面的預(yù)測,,并根據(jù)不同工具的表現(xiàn)對預(yù)測結(jié)果進(jìn)行了系統(tǒng)的整合和評分,最終得到最為可靠的預(yù)測結(jié)果,。之后,,該項(xiàng)研究利用了4種最權(quán)威的蛋白質(zhì)翻譯后修飾實(shí)驗(yàn)結(jié)果數(shù)據(jù)庫,囊括了已知的所有的修飾類型,,注釋出了所有可能影響實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的蛋白質(zhì)翻譯后修飾的遺傳變異,。最后,該研究對這些可能影響蛋白質(zhì)修飾的功能遺傳變異進(jìn)行了分析,,發(fā)現(xiàn)這些遺傳變異在癌癥相關(guān)位點(diǎn)中具有顯著的富集,,從另一個角度證實(shí)了蛋白質(zhì)翻譯后修飾與腫瘤發(fā)生發(fā)展密切關(guān)聯(lián)。
這項(xiàng)研究為解讀編碼區(qū)遺傳變異的功能提供了新的手段,,為闡明包括腫瘤在內(nèi)的復(fù)雜疾病易感性提供了新的思路,。華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院繆小平教授和常江副教授為該論文的通訊作者,公共衛(wèi)生學(xué)院,、創(chuàng)新研究院的楊洋博士生為論文的第一作者,。該研究工作得到了國家重點(diǎn)研究和發(fā)展計(jì)劃項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金,、中組部“青年拔尖人才”支持計(jì)劃和華中科技大學(xué)青年創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目的資助,。